教育背景

2011.09–2015.06，南京农业大学，生物科学，理学学士学位，导师：张群教授、蒋建东教授

2013.07–2013.08，韩国庆北大学，暑期交换生项目

2014.07–2014.09，美国加州大学戴维斯分校，暑期交换生项目

2015.09–2022.06，南京农业大学，微生物学，理学博士学位（直博），导师：蒋建东教授

2016.09–2017.10，以色列农业部农业研究中心，生物信息学，访问学者，导师：Shiri Freilich

2018.01–2018.02，美国威斯康星大学麦迪逊分校，访问学者

工作履历

2025.10–至今，华南农业大学资源环境学院，首聘副教授

2022.09–2025.10，华南农业大学，农业资源与环境，博士后，合作导师：仇荣亮 教授

学术兼职

1. 广东省农村专业技术协会人才专家库高层次人才专家 (2024–至今)；

2. Journal of Hazardous Materials、Journal of Environmental Chemical Engineering等期刊审稿人；

3. 创办并运营团队科普公众号 3SR Team，推动科研成果科普化、低碳农业社会化。

研究领域

从事土壤微生物组研究。聚焦开发合成微生物组设计工具，探究代谢互作以优化水土功能并修复污染物，解析土-植互作，构建健康“土-微-植”共生体系。

奖励与荣誉

1. 以第一作者发表的论文“Engineering natural microbiomes toward enhanced bioremediation by microbiome modeling”入选“2025中国农业科学重大进展”（仅十项）；

2. 获2025年度广东省环境科学学会环境保护科学技术奖一等奖（第十三完成人）；

3. 获九三学社广东省委员会2025年度“启航助力”新社员暨骨干社员培训班演讲比赛二等奖；

4. 获第二十四次全国环境微生物学学术研讨会“简浩然环境微生物学基金”优秀论文奖 (2023年)；

5. 获南京农业大学第九届农业与生命科学五年制直博生学术论坛“直博生学术论坛博学敏思奖” (2019年) ；

6. 获南京农业大学第七届农业与生命科学五年制直博生学术论坛英文报告一等奖 (2017年)；

7. 获南京农业大学生命科学学院宁粮奖学金（2019年）；

8. 获南京农业大学优秀团员及优秀团干称号（2015年，2017年）；

9. 获南京农业大学博士生一等奖学金两次 (2015年，2019年)，二等奖学金三次 (2016年-2018年)。

主持项目

1. 国家自然科学基金青年基金，根际菌群促进水稻高效利用有机氮的调控机制 (42307006)，主持，30 万元，2024.01.01-2026.12.31，在研；

2. 国家重点研发计划项目，重金属复合污染土壤长效超稳成矿化材料制备技术与应用示范 (2023YFC3707605)，子课题负责人，60 万元，2024.01.01-2027.12.31，在研；

3. 国家重点研发计划项目，种养产业集聚区多源种养废物耦合利用集成技术及示范 (2023YFC3905800)，子课题负责人，50 万元，2024.01.01-2027.12.31，在研；

4. 江苏省普通高校学术学位研究生科研创新计划项目，降解敌草胺的两个菌株的代谢模型构建 (KYZZ16_0382)，2016-2017 年，主持，1.5 万元，2016.09-2017.08，已结题；

5. 国家大学生创新性实验计划项目，南京小龙山植物内生与土壤微生物群落差异及其矿物风化功能的研究(201310307003)，2013.5-2014.5，主持，1 万元，2013.06-2014.05，已结题。

学术成果

一、发表论文：

1. Ruan Z*, Chen K*, Cao W, et al. (2024). Engineering natural microbiomes toward enhanced bioremediation by microbiome modeling. Nature Communications, 15(1): 4694. (第一作者, 中科院1区, IF_5-year: 16.1, 热点论文、高被引论文, 被Nature Reviews Bioengineering杂志评为2024年度高亮论文，并入选Nature Communications杂志2024年度地球、环境与行星科学领域下载次数最高的25篇文章 (Top25))

2. Jiang G, Ruan Z#, Yin Y, et al. (2025). Keystone species in microbial communities: From discovery to soil heavy metal-remediation. Journal of Hazardous Materials, 494: 138753. (共同通讯, 中科院1区, IF_5-year: 11.9)

3. Huang W, ..., Ruan Z#, et al. (2024). Source-specific soil heavy metal risk assessment in arsenic waste mine site of Yunnan: Integrating environmental and biological factors. Journal of Hazardous Materials, 486: 136902. (共同通讯, 中科院1区, IF_5-year: 11.9)

4. Ruan Z, Xu M, Xing Y, et al. (2022). Interspecies metabolic interactions in a synergistic consortium drive efficient degradation of the herbicide bromoxynil octanoate. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 70(37): 11613-11622. (第一作者, 中科院1区, IF_5-year：6.0)

5. Ruan Z, Xu M, Xing Y, et al. (2024). Enhanced growth of wheat in contaminated fields via synthetic microbiome as revealed by genome-scale metabolic modeling. Science of The Total Environment, 953:176047. (第一作者, 中科院2区, IF_5-year: 8.6)

6. Zhou D, Yang K, ..., Ruan Z#, et al. (2024). Adaptation of rhizobacterial and endophytic communities in Citrus Grandis Exocarpium to long-term organic and chemical fertilization. Frontiers in Microbiology, 15: 1461821. (通讯作者, 中科院2区, IF_5-year: 5.1)

7. Yang K*, Tan J*, ..., Ruan Z#, et al. (2024). Description and Genomic Characteristics of Diaphorobacter limosus sp. nov., Isolated from a Sewage-Treatment Plant. Current Microbiology, 81: 155. (共同通讯, 中科院3区, IF_5-year: 2.4)

8. Tan J*, Yang K*, ..., Ruan Z#, et al. (2024). Tessaracoccus lacteus sp. nov., Isolated from the Sludge of a Wastewater Treatment Plant. Current Microbiology, 81: 226. (通讯作者, 中科院3区, IF_5-year: 2.4)

9. Ruan Z, Sun Q, Zhang Y, et al. (2019).Oleisolibacter albusgen. nov., sp. nov., isolated from an oil-contaminated soil. International Journal of Systematic & Evolutionary Microbiology, 69(8): 2220-2225. (第一作者, 中科院3区, IF_5-year: 2.2)

10. Ruan Z*, Cao W*, Zhu J, et al. (2022). Comparative Genomic Analysis of Pseudoxanthomonas sp. X-1, a Bromoxynil Octanoate-Degrading Bacterium, and Its Related Type Strains. Current Microbiology, 79(2): 65. (共同一作, 中科院3区, IF_5-year: 2.4)

11. Ruan Z, Cao W, Zhang X, et al. (2020). Rhizobium terrae sp. nov., Isolated from an Oil-Contaminated Soil in China. Current Microbiology, 77(6): 1117-1124. (第一作者, 中科院3区, IF_5-year: 2.4)

12. 阮哲璞, 徐希辉, 陈凯, 等.（2020）持久性有机污染物的微生物降解研究进展与展望. 微生物学报, 60(12): 2763-2784. (第一作者, 中国自然科学核心期刊，发表至今被引34次)

13. 阮哲璞, 刘腾飞, 张志明, 等. (2014). 南京市月牙湖秋冬季节藻类的区系组成. 水资源保护, 30(4): 67-70, 85. (第一作者, 中国科技核心期刊)

二、授权国家发明专利：

1. 一株能够降解苯腈类除草剂的菌株及其微生物菌剂和应用，ZL 202410166869.7，2024-04-12 (授权)，第一发明人；

2. 一株丛毛单胞菌及其应用，ZL 202410945578.8，2024-09-17 (授权)，第一发明人；

3. 一株普罗菲登斯菌及其应用，ZL 202410906705.3，2024-09-27 (授权)，第一发明人；

4. 一种苯腈类除草剂的降解菌株及其生产的菌剂，ZL 113862199A，2021-12-31 (授权)，第二发明人；

5. 一种协同降解苯腈类除草剂的微生物菌群合物及其生产的菌剂，ZL 113980852A，2022-01-28 (授权)，第二发明人；

6. 一株耐铜的丛毛单胞菌及其应用，ZL 202410372795.2，2024-10-18 (授权)，第五发明人；

7. 一株寡养单胞菌菌株及其在降解四环素类抗生素中的应用，申请号：2025108617455，2025-6-25，第一发明人；

8. 一株布鲁氏菌及其在修复四环素类抗生素污染中的应用，申请号：2025108780974，2025-6-27，第一发明人；

9. 一株能够降解四环素类抗生素的中华单胞菌菌株及其应用，申请号：2025108780993，2025-6-27，第一发明人。

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